El periodo virreinal en México no estuvo excento de conspiraciones, sublevaciones, alzamientos y otros actos de rebeldía debido a los malos tratos que los avariciosos españoles les daban a castas inferiores como: Criollos, mestizos, mulatos, saltapatrás y esclavos negros entre otros.
Uno de los primeros movimientos separatistas fue el que encabezó en 1566 el Segundo Marques del Valle, Martín Cortés, nacido en Cuernavaca e hijo del conquistador Hernán Cortés. Martín encabezó a los hijos de los conquistadores, quienes se creían con más derecho sobre la Nueva España, incluso más que el mismo rey. Así que organizaron un movimiento separatista que pretendía imponer a Martín como rey de la Nueva España. Este movimiento fracasó debido a que fueron denunciados y detenidos.
En 1601 un líder indio llamado “Perico” del pueblo Acaxee en Durango inició una rebelión con la finalidad de exterminar a los españoles, ya que los de su pueblo eran maltratados y forzados a trabajar en las minas que explotaban los ibéricos. Esta rebelión duró casi dos años, los indios asesinaron a muchos españoles, quemaron sus edificios, iglesias y campamentos. Al final este movimiento fue reprimido por un ejército de encomenderos acompañados por aliados indios de otras tribus.
En 1609, otra rebelión surgió en el valle de Orizaba, Veracruz, en donde los esclavos negros traídos de África para trabajar en las haciendas azucareras comenzaron a huir a las montañas, inconformes por las injustas y arduas condiciones de trabajo. Se ocultaron en lugares poco conocidos y de difícil acceso, organizándose en comunidades que fueron conocidas como “palenques”. Sin embargo, los hacendados los buscaban para castigarlos y reintegrarlos a sus trabajos, ya que representaba una pérdida económica considerable para sus haciendas. Estos rebeldes fueron conocidos como “cimarrones”, palabra utilizada para cualquier animal domesticado que al escaparse se vuelve salvaje. Este grupo fue liderado por un hombre de edad avanzada llamado Yanga o Ñyanga y se dedicaron a robar a los comerciantes que pasaban por el camino real al puerto de Veracruz, lo que enfureció al virrey, por lo que envió a un grupo armado para combatirlos. Yanga organizó la resistencia que terminó en una negociación en la que lograron su libertad.
En 1616, se llevó a cabo una sangrienta lucha en el extremo sur del estado de Durango, antiguo reino de Nueva Vizcaya, en un pueblo llamado O’dam y fue conocida como la rebelión tepehuana que causó graves daños a la economía española e inestabilidad a la autoridad virreinal.
La rebelión tepehuana se caracterizó por ser una de las más sangrientas luchas que se libraron durante el virreinato y provocó considerables daños a la economía española, poniendo en peligro sus formas de autoridad. Algunos misioneros jesuitas, un dominico y un franciscano fueron asesinados en manos de los insurrectos que estaban en contra de la explotación y de las autoridades españolas que, finalmente se impusieron por medio de la fuerza.
Otra insurrección apareció en 1624, cuando el pueblo se organizó para derrocar al virrey Diego Pimentel, marqués de Gelves, quien estableció nuevas normas como el prohibir que el grano de maíz se destinara a la engorda de ganado porcino y otras medidas que perjudicaron el abasto de la ciudad, afectando el negocio que estaba controlado por algunos funcionarios. La insurrección terminó con el derrocamiento del marqués de Galves.
Finalmente, un aventurero francés llamado Guillen Lampart es considerado el primer impulsor de la Independencia de México. Lampart arribó a la Nueva España en 1643 con la comitiva del virrey Diego López Pacheco y Portugal. Estando en México se dio cuenta de la miseria e injusticia que la población padecía, así como de la incompetencia de las autoridades, por lo que convenció a muchos de que los reyes de España no tenían potestad ni derecho sobre las tierras americanas, así que vislumbró la posibilidad de derrocar a las autoridades de la Nueva España, pero meses después fue detenido por las fuerzas de la inquisición acusándolo de sedición y brujería, terminando preso.