Varias veces he escuchado de otros cronistas e historiadores decir que el ferrocarril llegó antes a Cuautla que a Cuernavaca debido a que esa ciudad era más importante, por los ingenios azucareros que existían en esa región. La verdad es que eso no es cierto, ya que el objetivo principal del trazo inicial era conectar a la Ciudad de México con la capital del Estado. La historia es como sigue:
El 16 de noviembre de 1876, a unos cincuenta kilómetros de Tlaxcala se llevó a cabo la batalla de Tecoac, entre el Ejército de la República que respaldaba al presidente Sebastián Lerdo de Tejada y el Ejército Regenerador que defendía el Plan de Tuxtepec. Este último estaba encabezado por el general Porfirio Díaz, que se había alzado en armas en contra de la reelección de Lerdo de Tejada. En dicha batalla resultaron triunfadores los rebeldes tuxtepecanos, por lo que Lerdo de Tejada tuvo que abandonar la capital del país y así es como Porfirio Díaz llega a la presidencia de la República.
En el estado de Morelos, el gobernador Francisco Leyva también tuvo que abandonar su cargo, ya que era un convencido Lerdista y el Plan de Tuxtepec en su artículo cuarto señalaba que serían desconocidos todos los gobernadores que no se adhirieran a dicho plan. Por tal motivo llegó al gobierno el coronel Carlos Pacheco, por una disposición del Cuartel General del Ejército Constitucionalista.
El 3 de abril de 1877, el congreso le concedió una licencia al gobernador Pacheco para salir del estado hasta por un mes, pero el 4 de mayo le otorgó una prórroga de diez días más para trasladarse a la Ciudad de México, ya que estaba realizando las negociaciones para la construcción del ferrocarril de Morelos. Fueron los ingenieros Vicente Méndez, Amador Chimalpopoca y Teodoro Larguerenne, junto con el Lic. Luis Méndez, quienes serían los constructores de dicha vía de ferrocarril.
El 10 de julio de 1877, el nuevo Congreso de Morelos le autorizó al gobernador que dispusiera de seis mil pesos a fin de que se realizaran los estudios necesarios para reconocer cuál sería el trazo más conveniente y menos costoso para la construcción de una vía de ferrocarril, que recorriera la mayor parte del estado y que uniera a éste con la capital del país. El mismo congreso le autorizó que cuando estuvieran los planos y el presupuesto de la vía se otorgara la concesión a alguna compañía o la construyera el mismo gobierno estatal.
El estudio determinó que la mejor ruta para el ferrocarril de Morelos sería el siguiente: se estableció como punto inicial los terrenos del barrio de Amatitlán (frente a la iglesia), para seguir hacia los pueblos de Chapultepec y Atlacomulco, pasaría por las Fuentes de San Gaspar, cruzaría por los cerros de Las Tetillas, hasta llegar junto a la hacienda de Atlihuayán. Después pasaría al sur de Yautepec, continuaría por San Carlos, llegaría a Cuatlixco (al norte de Cuautla), luego subiría a Ozumba, Amecameca, Tlalmanalco, Chalco y finalmente llegaría a la estación de San Lázaro en la Ciudad de México.
Por lo anterior, el 4 de noviembre de 1879, el gobernador Pacheco inauguró en los terrenos de Amatitlán los trabajos de infraestructura del tramo de esta vía férrea. Diez y siete días después, el 21 de noviembre, Pacheco dejó la gubernatura del estado para convertirse en secretario de Guerra, dejando a Carlos Quaglia como gobernador interino.
Una de las primeras acciones de Carlos Quaglia fue la promulgación de la Ley de Hacienda para el año de 1880, que en el Ramo de Fomento establecía una partida de 13,000 pesos para ser destinados como subvención a la construcción del ferrocarril y el ramo de telégrafos.
Fue el 1º de junio de 1880 que se inauguró un nuevo tramo de 12 km desde Tenango del Aire hasta Amecameca y quince días después se declaró ciudadano del estado de Morelos al comandante Tomás G. Mariscal, por su ayuda a la construcción del ferrocarril.
Al llegar el mes de diciembre, el presidente Porfirio Díaz, a través del Ministerio de Fomento, le solicitó al Congreso de la Unión la autorización para que el Ejecutivo de la Unión, junto con el gobierno del Estado de Morelos contrataran un ramal del ferrocarril, para unir al Ferrocarril Mexicano con el de Morelos en el punto más conveniente, lo cual fue ratificado el día 10 de diciembre. Cuatro días después el representante del estado, don Rafael A. Ruiz, firmó el contrato para el traspaso del ferrocarril de Morelos al de Veracruz, y se sacó como ventaja para el estado de Morelos que por cada cinco kilómetros que se construyeran en el ramal, se hicieran igualmente dos para la ciudad de Cuautla con dirección a Cuernavaca. La construcción de este ramal fue realizado por el señor Delfín Sánchez Ramos (Yerno de Don Benito Juárez, ya que estaba casado con su hija Felícitas Juárez Maza).
En abril de 1880 se anunció que para el mes de septiembre llegaría a Yautepec la primera locomotora, por lo que se construiría un puente sobre el río Cuautla. Pero esto sabemos que no se logró.